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1、教师的“课改情结”导致合作学习流于形式，过于强调合作的形式。
分组活动时间有限，学生合作不充分。教师在组织合作学习时，往往是学生才开始合作的几分钟，刚进入状态，或是个别小组先完成了，教师就急着让各小组汇报成果，然后匆匆结束进入下一环节，把合作学习变成走过场。一些教师认为课堂宝贵时间交给学生，会影响教学效率。该观点忽略了知识的传输速度，不等于知识的吸收速度，而且，仅仅重视知识的灌输速度，也会影响知识作为载体的教育效果.也忽略了教的效率不等于学的效率.我们的实践证明，只要教师充分相信学生，就会发现学生的求知欲与学习潜能无限，学生的求知欲望与学习潜能得以挖掘，学习的效率自然会提升。
合作学习并没有从内容的需要和学生的角度出发，而是盲目地去让学生进行合作学习，只是为了合作而合作，在教学活动中只注重合作学习这一形式而不重视合作学习的实效，使我们的合作学习趋于形式化，浮于表面，不利于学生的发展
2、没有明确的合作任务或合作的任务缺乏挑战性，目标不明确，分工未落实导致合作学习费时、费力、难以见成效。
课堂教学活动中，教师没有对学生的合作学习提出明确的学习任务，而直接让学生去合作，无所事事，不知所措。只是几个人围在一起，漫无目的的合作。另一种情况是在学生大家都能直接解决问题的情况下，让学生进行合作交流，合作的内容缺乏挑战性。
合作学习是有着明确目标和分工的学习活动。但在合作学习中，不少教师注重的只是自己的教学任务，按照既定的教学计划和教学设计把学生往事先设计好的教学框架里赶，较少关心或指导合作学习小组的具体目标的实施，小组成员的任务分工更少过问。因此就出现了案例中的学生合作学习的那种状态，费时、费力、效果差. 有些教师只是认为，每个小组的目标即为总教学目标的分解.教师缺乏与学生共同探索的体验，只对合作学习的结果给以评价.所以，只有教师真正参与到合作学习中去，才能对其进行有效的指导，避免学生在合作学习中走弯路、走错路.
3、教师思维固定化，扼杀学生思想火花，忽略了学生在合作学习中的主体地位。
在教学中不敢放手让学生合作，不相信学生的能力，学生的合作学习还是在教师统一的“安排”下进行的，学生的合作缺乏自主性，在教师的指导下按部就班，充其量不过是一种表面上的假象，只是师生之间的互动，而在这里的互动中，教师主宰了一切。在实际课堂小组合作学习中，教师充当了不恰当的角色。教师不是一个引导者而成了控制者。教师只是在按照既定的教学计划和教学设计，把学生往事先设计好了的教学框架里赶。这样教师就缺乏一种根据学习过程中出现的问题来灵活处理的能力，很多时候教师反而成了学生思想火花的扼杀者。
4、忽视了对学生合作习惯的培养。
现在有些课堂中的合作学习，有三种极端的表现：第一种情况是，教室里乱成一锅粥，学生在合作交流中常规极差，自己做自己的，或者谈一些与合作的内容风马牛不相及的事情；第二种情况是，学生在合作中只是敷衍了事，自己做自己的，只是几个人聚集在一起，做着自己的事，毫无合作可言，与其说是在进行合作学习，不如说是几个学生围在一起进行自学；第三种情况是，一部分学生在大讲特讲，另一部分学生无所是事，不会倾听，把自己排除在小组之外。
5、教师对合作学习的情境认识存在偏差，导致合作学习偏向集体学习，扼杀了学生的个性化认识，合作学习中忽视了学生良好个性的培养。
我们有些教师在学生完成合作学习任务后，让每个小组派代表发言，展示交流合作学习的成果.这造成每个小组的发言常常是对所有成员的观点的加以整合、优化，代表整个小组内所有学生的观点，而没有让有不同观点的同学展示自己的独特见解。角色分工不到位，各组成员分工不到位。小组合作学习中，教师经常采取随机分组的方法，很少考虑每个成员的学习能力、性别等个体差异的均衡搭配；而且，成员内分工不到位，各人担当的角色比较固定，往往由成绩较好的学生担任代表发言，而忽视了表达能力较差学生的锻炼机会。合作学习时，不少同学在小组活动中无所事事，或做与小组活动无关的事情，学习成绩好的自然成了各组名副其实的代言人，而学习困难和性格内向的学生则只是其陪衬。